L’Institut est organisé en équipes de recherche cliniques travaillant étroitement avec les équipes de recherche fondamentale ; chirurgie cardiaque et vasculaire, maladies cardiaques congénitales, génétique médicale, fonctions pulmonaires, cardiologie : maladie des valves cardiaques - maladie coronarienne - réadaptation, cardiologie : électrophysiologie et stimulation, équipe de recherche clinique, service d'imagerie de modelisation - radiologie diagnostique et thérapeutique, traitement de l'insuffisance cardiaque.